中国科学家在此次武汉疫情爆发短短2-3周内，就通过基因测序的方法鉴定出新型冠状病毒，并成功绘制出其全基因组序列信息。
2020年这个新年的开启方式与往年不同，举国之力应对新型冠状病毒（以下简称新冠病毒），央视新闻 “共同战 ‘疫’” 不间断直播，今天我们就来聊聊新闻里常提到的核酸检测。
图片来源：中新网
核酸检测，是指通过特殊的技术手段检测临床样本中是否存在特定的病原体核酸，从而诊断患者的感染原因。此次新冠病毒是单链RNA病毒，根据《新冠病毒感染的肺炎诊疗方案（试行第五版）》（下文简称诊疗方案）建议，针对疑似病例的确诊，需要具备以下病原学证据之一者，即为确诊病例：
呼吸道标本或血液标本实时荧光RT-PCR检测新型冠状病毒核酸阳性；
呼吸道标本或血液标本病毒基因测序，与已知的新型冠状病毒高度同源；
诊疗方案中提到了两种检测方式，实时荧光RT-PCR和基因测序。小编分别为大家做简要介绍：
实时荧光RT-PCR
这种方法的全称是，实时荧光反转录聚合酶链式反应。它首先将提取的病毒基因组RNA，通过反转录变成互补DNA（cDNA）。然后再用病原体特异性的引物，以cDNA作为模板扩增病原体核酸序列。因为扩增的过程中荧光染料能同步整合在产物上，所以研究者可以通过荧光信号的强弱，进行实时检测。
对于这种方法，最关键的步骤就是设计病原体特异性的引物。以新冠病毒核酸检测为例，我们只有了解到这种新病毒全基因组的核酸信息，才能找到与它的“近亲”病毒（如SARS、MERS）不一样的区段，设计出特异性针对新冠病毒的引物，使这种方法诊断的准确性更高。既然提到全基因组，我们就不得不提到诊疗方案中提到的第二种方法——基因测序。
基因测序
在诊疗方案中提到的基因测序方法，目前使用最为广泛的叫新一代测序（Next generation sequencing，NGS）（后面简称NGS技术）。我们比较熟悉的无创产前检测（NIPT）使用的就是这项技术。在新冠病毒诊断中，NGS技术首先将病毒RNA制备成测序仪可以识别和分析的DNA文库，然后在测序仪上同时对数以百万计的核酸序列进行检测。检测结果经生物信息学软件处理，最后向我们展现出病毒相关序列信息。相比2003年SARS疫情花了2-3个月确定病原体，中国科学家在此次武汉疫情爆发短短2-3周内，就通过基因测序的方法鉴定出新型冠状病毒，并成功绘制出其全基因组序列信息。这项技术的巨大成功，不仅使国内诊断企业能快速研发用于新冠病毒诊断的实时荧光RT-PCR试剂盒，更向全世界展示了中国有先进的技术能力帮助政府有效地掌握并控制疫情。即使到了疫情攻坚战的此刻，NGS技术仍然在解析第二代、第三代病毒变异情况和追踪病毒起源及演化方面，扮演着不可替代的核心作用。
目前，NGS技术主要在Illumina、ThermoFisher、华大生产的测序平台上开展，其中Illumina是基因测序领域的品牌领先者，全球测序仪器中约七成为其测序平台；在此次疫情中，国家及多个省CDC的基因测序均是在Illumina测序平台上开展。
图片来源：见水印
图片来源：见水印
在此次疫情中，NGS技术让我们能更快的确定病原体，给疾控部门和临床提供疑似病例确诊检测手段，并为疾控部门更好的溯源提供了有利的工具。
责任编辑：
