6月16日0时至24时，北京市新增报告本地确诊病例31例、疑似病例3例、无症状感染者6例。截至6月16日24时，累计报告本地确诊病例557例，累计出院411例，在院137例，累计死亡9例。尚在观察的无症状感染者12例。
6月16日0时至24时，无新增报告境外输入新冠肺炎确诊病例、疑似病例和无症状感染者。截至6月16日24时，累计报告境外输入确诊病例174例，累计出院173例，在院1例。
新增确诊病例中，东城区3例、西城区1例、海淀区3例、丰台区19例、大兴区5例。
北京市有11个区无本地报告新增确诊病例，具体为平谷区自有疫情以来无报告病例、延庆区145天、怀柔区131天、顺义区129天、密云区126天、昌平区120天、通州区118天、朝阳区2天、石景山区2天、门头沟区1天、房山区1天。
对所有小区全面实行严格封闭式管理
16日上午，北京市委常委会召开会议。会上强调要做到应查尽查、应检尽检、应隔尽隔、应收尽收，坚决阻断疫情传播途径，迅速把这次疫情控制住。要求：
对所有与新发地批发市场有密切接触和关联的人员进行全面排查、核酸检测和居家观察；
对所有农贸市场、餐饮店、食堂等重点场所进行全面防疫检查、环境消杀和核酸检测；
对所有小区全面实行严格封闭式管理；
对重点区域和重点人群全面进行核酸检测并扩大检测范围；
全面提高各类医疗卫生机构、学校、养老机构、地铁公交等防控等级；
全面落实重点人员禁止离京的措施，坚决遏制疫情在市内扩散、向市外扩散。
铁路部门：进出京火车票退票免手续费
为配合北京市做好应急响应级别由三级提升到二级的疫情防控工作，铁路部门决定：自2020年6月17日0时起，旅客在车站、12306网站等各渠道，办理2020年6月16日24时前已购的进出北京地区各次列车有效车票退票时，均不收取退票手续费，购买铁路乘意险的一同办理。
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