因为，中国和菲律宾只隔了一个南海，所以，从古代开始，菲律宾就是华人移居的选择地之一。
自从明朝初年郑和下西洋以后，中国的名声就在外传开了，菲律宾的吕宋和苏禄等国都与中国保持着间断性的贸易往来。到了十六世纪七十年代，越来越多的华人选择移居菲律宾。当时，中国已经开放了部分地区的海禁，而西班牙刚殖民菲律宾，对商品和劳动力的需求很大。
在这样的背景下，晚明和西班牙在菲律宾地区产生了许多矛盾。
1565年，西班牙侵入菲律宾，攻下了宿务岛。1571年，西班牙向吕宋发起进攻，成功建立了马尼拉城。
在殖民统治初期，为了博得民心和促进菲律宾与中国的贸易往来，西班牙对移居菲律宾的华人采取怀柔政策。但是，随着华人在菲律宾拥有越来越大的社会影响力和越来越多的话语权后，西班牙与华人开始产生了分歧。1574年，旅菲华侨与西班牙矛盾尖锐，并爆发了一场武装斗争。
活跃于福建附近的商人林凤带头起义，反抗西班牙殖民者的统治。在这次起义中，他们不仅把西班牙兵打得节节败退，还险些攻下了马尼拉，大大震惊了西班牙殖民者。1593年，菲律宾总督前去摩鹿加群岛进行访问时，因为，菲律宾的劳动力不足，便强行抓了一些华人充当桨手。
在路上的时候，本来对此就极度不满的华人，还遭受着总督一行人的打骂。于是，华人们决定奋起反抗。在达斯马里纳斯的船上，华人们联合起来把包括总督在内的西班牙人都杀了，只有十二个士兵装死才逃过一劫。发生这件事后，马尼拉政府十分恐惧，便掀起了一阵排斥华人的浪潮。
于是，为了保障华人权益，福建官员带着一支搭载着士兵和装满武器的中国船队，远航到马尼拉，接回了三千余名在菲华人。
到了1603年的时候，菲律宾出现了一个传言：中国皇帝想抢占菲律宾的黄金，现在正准备出兵攻打菲律宾。这一传言来源于一名吕宋木匠：吕宋有一座山，山上会自动长金豆。万历皇帝得知后，以为这件事是真的，于是，便派了几名福建官员前去了解事情真假。
但不曾想，他这样的做法却证实了谣言。如此一来，本就十分忌讳中国的西班牙更是害怕，它担心中国想开拓国土，跟自己争夺菲律宾。在这种情况下，西班牙越来越排斥华人，甚至，产生了残害或屠杀华人的想法。当时，察觉到了西班牙意图的华人不愿意任人宰割，他们要掌握自己的命运。
于是，华人联合起来，搞了一场大起义。但可惜的是，因为缺乏武器和军事理论的指导，他们仅仅坚持了四十天就宣布起义失败。之后，为了惩罚华人，西菲当局召集各方势力发动了一场对华大屠杀。据统计，至少有两万华人死于这场屠杀。通过这场屠杀，在菲华侨的数量大大减少了。
据《菲律宾华侨叛乱实录》的作家说：大屠杀后，“八联”已成灰烬，仅剩四百人。又有一文献说：大屠杀后，马尼拉地区只剩下华侨四百五十七人。另一估计说：生者不足八百。同时，这场大屠杀也给菲律宾的经济带来了致命一击：严重缺乏物资，经济更呈现下滑趋势。
西班牙殖民主义强盗立刻发现：没有理发师、没有裁缝、没有鞋匠、没有厨师、没有农民和牧民：“没有粮食吃，没有鞋子穿，即使出极高的价钱也买不到”。这些人自己也供认：“华侨乃所有行业的从业人手，是以合理的工价从事劳动的优秀劳动者，没有华侨，菲律宾是不可能维持得下去的。”
因为，当时菲律宾的经济发展和贸易往来，全靠华人的努力和贡献。所以，随着时间的流逝，菲律宾的情况越来越严重。后来，西菲当局竟然要向外借贷来维持国家的运转。
对此，西班牙人十分担心：
一、如果中国商船不再来菲律宾了，那么，美洲会不会受到影响？
二、明朝廷得知此事后，会不会出兵菲律宾搞报复？在巨大的压力下，西菲当局连忙加强军事防御以作应对。但是，士兵们普遍心情低落，士气不佳，且军粮严重不足。就这样，西班牙殖民者在无尽的恐惧中等待着中国给予他们惩罚，整个马尼拉都被绝望与孤寂笼罩着。1604年，一些富人终于忍受不了这样的生活，便带着全家迁离了马尼拉，前往墨西哥去了。
最终，为了挽回政局，西班牙驻菲总督采取了一些紧急措施：
一方面，他归还部分财产给华侨商人，让屠杀行动的幸存者写信回国内，希望以此来“洗白”西班牙的罪行；
另一方面，他写了几封致广东、福建官员的信件，让使者奎瓦带着去中国，并亲手交给官员们。
1603年12月10日，奎瓦坐上前往澳门的船只，他此次前行的目的主要有两个：
一是、刺探中国对菲律宾屠杀一事的看法；
二是、写几封函件的副本，在其中写明华人起义的详细过程，并拜托澳门的葡萄牙人转交给中国官员。但因为，西班牙和葡萄牙是竞争对手，所以，葡萄牙一直都没有把这些函件交给中国。
1604年2月，海上发生了一场风暴，奎瓦不得不暂返马尼拉。几天后，奎瓦带着一百五十多名西班牙士兵和一位神父一起再次前往澳门。很快，奎瓦等人抵达澳门的消息传到了漳州。
一些经常奔波于漳州和马尼拉的中国商人，在澳门和奎瓦见面，并答应把函件交给中国官员，并且，鼓励华侨前去菲律宾贸易。接下来几天，奎瓦都在澳门刺探中国对西班牙屠杀行动的看法。通过多方途径，他了解到中国政府已经得知了屠杀行为，但中国人却没有任何反应，也没有集合海军进攻马尼拉。
得知这一重要军情后，奎瓦在澳门购买了一批军资，便返回了马尼拉。当奎瓦向西菲当局说明情况后，当局的压迫感瞬间减少了许多，他们开始期盼中国商船的到来。但是，直到1605年5月，西班牙人渴望的中国商船依然没有来。反而，澳门那边传来消息说：中国已经召集了一支军队，准备来马尼拉诘责。
对此，西班牙人恐惧不已。
实际上，虽然明朝已经知道了事情的真相，但是，却一直把移居国外的华人视为“贱民”。所以，朝廷仅写了一份檄文《谕吕宋檄》，让一名中国商船的船主带到马尼拉，交给菲律宾政府和教会。
在这份《谕吕宋檄》里，明政府并没有对西班牙的屠华行为加以谴责，《谕吕宋檄》的全部要求，最后归结为“放还被禁商民和被劫财物。”“若前（屠杀）事讹传，未有兵革，投款效顺，商舶往来，交贸如故；若果有嫌恨，已相仇杀，可将该岛所有漳泉遗民子孙，追敛各夷劫去财货，资送还郡，白此商舶交易仍听往来如故。”并且，还说道：“只要西班牙殖民者从今以后保证华人在菲律宾的一切合法权利，那么，大明朝就不会对西班牙加以惩罚，并要求西班牙感谢中国皇帝的宽宏大度和中国的仁义。”
因此，可以认为，明廷通过发出《谕吕宋檄》所作的交涉，只是例行公事、官样文章，其目的仅是借此对内敷衍死难者家属及侨乡的要求，好有个交代，对外挽回和保持大国的面子而已！
其实，明朝廷之所以没有出兵攻打马尼拉，是因为客观条件的限制。
因为，当西班牙屠杀华人的时候，明朝廷进行了三次大规模的战争：西北宁夏之战、西南播州一战以及与日本长达七年的朝鲜战争。虽然，在这些战争中明朝都是胜利方，但这三场战争却大大消耗了国家的军事力量和增加了财政支出，尤其是与日本的对战。
因此，考虑到种种因素，明朝并没有出兵马尼拉。但是，在西班牙殖民者看来，明朝廷的态度是默许了他们的做法。于是，西班牙殖民者对旅菲华侨更是大力欺压。1639年，华侨们实在容忍不了这种折磨，再次联合起来发动起义。在这次起义中，华侨们坚持了将近四个月。
同时，西班牙也被华侨们逼到了绝路，并最终又陷入到了杀戮的困境，无数的华人和天主教徒死在了西班牙的屠杀行动下。
在知道了旅菲华侨的状况后，1657年，郑成功写了一封信给居住在爪哇岛的一名华侨。
在信中，郑成功明确要求：华侨停止与西菲当局的贸易往来，并表示他将亲自带兵去攻打菲律宾，以此作为对西班牙屠杀行为的惩罚。1662年，郑成功攻占台湾后，立刻派人致函给菲律宾总督，要求其马上停止屠杀华侨的行为，并对自己犯下的过错作出反省。
然而，面对郑成功的谴责，西班牙人不仅没有停止罪行，反而愈演愈烈，进行了第三次对旅菲华人的大屠杀。
这次种族绝灭式的大屠杀，究竟死多少华侨，说法不一：
《明史》说是两万五千人，福建巡抚致阿库那的信件说是三万多人；
当时某些西班牙强盗估计为两万三千人，现代西方历史学家多数都接受这个估计。但是，当时的西班牙强盗中就已有人对这个估计表示怀疑了，他们说：“被杀的华侨人数还要大得多。”
郑成功得知此事后十分生气，他一边安抚从菲律宾逃到了台湾的华侨，一边召集军队，准备进攻菲律宾。一时之间，菲律宾动荡不安，每个人的脸上都是深深的恐惧和绝望。与此同时，荷兰的崛起更是严重威胁着西班牙在菲律宾的地位。这下子，西班牙殖民者感受到了来自各方的巨大压力。
于是，他们开始计划撤离菲律宾一事。但最终，郑成功并没有出兵菲律宾，因为，国家发生了内乱。且没过多久，郑成功就因病去世了，他的儿子郑经接管台湾，同时派人与西班牙当局交涉。根据史册的记载，在1670年到1671年这段时间里，郑经曾两次想出兵马尼拉。
但是，都因为现实条件的限制没能成功出兵。
参考资料：
【《万历年间中国经济文化的发展》、《清史稿·卷二百二十四·列传十一》】
