建造制药实验室的根本目的不是为了满足实验过程中对原辅料的分析验证以及病理研究并产出目标试剂。根据不同的科研项目，制药实验室大致会包含以下数个功能业务模块中的几个：
1、中心实验室。作为制药实验室的核心，中心实验室肩负着实验的主要业务责任。
2、微生物检查室。由于不同的目的的试剂需要的检验环境不同，大致分为：一般无菌室(半无菌室)和卫生标准室两类。
3、仪器室。作为各类仪器的存放以及使用的建筑，大致有天平室、光谱室、显微室、玻璃仪器存放间和普通仪器室等类别。
4、高温室。高温室用于制剂干燥或者消毒之所。
5、留样观察室。主要针对实验室原辅料、包装材料以及成品的留样进行储存验证管理。
6、气体供应室。对环境安全与操作安全要求极高。某些特殊的气体，比如毒气室，就需要安全隔离的建造，才能满足安全实验的要求。
7、除了以上的功能性区域外，一般的制药实验室还应该具备质量管理办公室以及档案室等行政办公区域。
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