天武天皇于公元686年9月病逝，皇后便临朝称制，是为持统女皇。他们夫妻俩生下的草璧皇子依然娶了天智天皇的另一个女儿为妻。也就是说，这个草璧皇子的媳妇，不仅是他的姨妈，而且还是他的堂姐。这位草璧皇子和他的姨妈兼堂姐生下的两姐弟，后来分别成为了元正女皇和文武天皇。
公元701年，文武天皇完成了《大宝律令》，标志着“大化改新”加强皇权的成果的法律化、制度化的最后完成。六年后，文武天皇去世，他的老妈，就是那位姨妈兼堂姐，即位之后，是为元明女皇。正是元明女皇，迁都到了平城京，即今日的奈良，开始了日本历史上八十五年的奈良时代。
在这一时期，日本与中国唐朝的交往甚为密切，多次派遣唐使，前往长安，最多的一次近六百人。平城京也完全模仿建成了日本版的长安城。而此时的日本皇室，除了做了这些成绩，也仍然继续着其混乱的关系。这些天皇的执政业绩都达到了一定的水平。而与此同时，在“维护皇室血统的纯正”的旗帜下，日本皇室男女关系的混乱也达到了一定的高度，成为了日本天皇家族的长期传统。
元明女皇后来让位给她的女儿元正女皇。元正女皇在位期间，日本完成了第一部自己的历史书《日本书纪》。公元724年，元正女皇将皇位让给她的侄儿，就是她的弟弟文武天皇和藤原宫子的儿子首皇子，是为圣武天皇。而圣武天皇的媳妇，则是藤原不比等的小女儿光明子。其实，这位光明子却是圣武天皇的姨娘。
原来，还是在天智天皇大力推行“大化改新”期间，作为功臣的中臣镰足的后代被赐姓藤原氏。这是日本历史上三大权臣家族中，继苏我氏之后的又一权臣家族的风生水起。权臣藤原不比等，被加封为右大臣，一时权倾朝野。他把他的女儿藤原宫子嫁给文武天皇，以控制日本皇室。而文武天皇的儿子后来娶了藤原不比等的小女儿光明子。也就是说，文武天皇娶得藤原宫子与儿媳妇原来是一对姐妹花。
据说，这个光明子，是奈良时代的一个重要人物。她为丈夫兼外甥生了一个女儿。公元749年，圣武天皇出家为僧，光明子就立她这个女儿为女皇，是为孝谦女皇。如果从天智天皇和天武天皇兄弟俩那儿算起，这孝谦女皇应是他们之后的日本第六代领导人了。
光明子太后和孝谦女皇母女俩都是当时的著名人物。当时，光明子太后掌握实权，孝谦女皇则搬到表弟兄藤原仲麻吕家里，二人双宿双飞。公元758年，孝谦女皇索性让位给淳仁天皇，自己当了太上皇。其实，这位淳仁天皇是天武天皇的孙子。若论辈份，他是孝谦女皇的爷爷辈。因他母亲出身低贱，自己本无资格当上日本天皇。但他娶了孝谦女皇的表弟兄藤原仲麻吕已故长子的寡妻，尽管这个二手女人是他的曾孙辈。以此裙带关系，淳仁天皇才攀上了藤原家的高枝，爬上日本天皇的宝座。
不久，孝谦女皇和表弟兄藤原仲麻吕没有了那种不可言传的感觉了，从此二人分道扬镳。公元760年，藤原仲麻吕的姑妈光明子太后去世，这让藤原仲麻吕顿时失宠。原来，孝谦女皇移情别恋，将一个叫做道镜拉上了自己的大床。藤原仲麻吕一时怒火中烧，便策反淳仁天皇，干掉孝谦太上皇，结果反倒被孝谦太上皇干掉。但是，淳仁天皇也被废掉，在流放中穷困潦倒而死。
