新冠病毒是否已经发生突变?如何突变?这是目前学界研究的焦点之一。
新冠病毒已突变
新冠病毒疫情已经出现相当长一段时间,而且在有确诊案例的国家,不少已经公布了病毒的基因序列等信息。在科研人员们攻关研发疫苗药物的同时,科研学术界也在担忧新冠病毒是否已经发生突变。如果真是如此,接下来研究病毒突变的机制也将成为重点。
先是巴西的一项研究显示了新冠病毒突变的可能性。不久前,巴西科学家与英国科学家紧密合作,紧急针对在2月26日出现的巴西首例确诊病例进行“冠状病毒基因定序”,并根据他们的发现公开发表论文,论文题为“First report of COVID-19 in South America”。
结果显示,这名患者体内的新冠病毒“Brazil/SPBR1/2020 ”,居然与武汉公布的病毒基因(Hu-1参考菌株)存在3处不同——也就是说,病毒可能在传播过程中已经发生变异。同时,前者有两处跟德国慕尼黑群聚传染事件中提取的病毒 “德国/BavPat1/2020菌株 ”非常接近。
案例中的患者61岁,2月9-21日曾前往意大利北部的伦巴第旅游。2月26日确诊。
新冠病毒已突变,传染力或更强?
中国科研团队最新发现显示:新冠病毒已于近期产生了149个突变点,并演化出了两个亚型,分别是L亚型和S亚型。研究发现,在地域分布及人群中的比例,这两个亚型表现出了很大测差异。其中S型是相对更古老的版本,而L亚型更具侵略性传染力更强。对不同亚型的深入了解,将有助于新冠肺炎的差异化的治疗和防控。
中国科研团队:新冠病毒已突变,有2个亚型,传染力有差异
以上研究来自中国科学院主办的《国家科学评论》(National Science Review)于3月3日发表的论文《关于SARS-CoV-2的起源和持续进化》(On the origin and continuing evolution of SARS-CoV-2)。
论文通讯作者为陆剑研究员(北京大学生命科学学院生物信息中心)、崔杰研究员(中国科学院上海巴斯德研究所)。
论文通过对目前为止最大规模的103个新冠病毒全基因组分子进化分析,发现病毒株已发生了149个突变点,而且多数是近期产生的。该研究揭示:新冠病毒已经演化出L和S两个亚型。其中101个属于这两个亚型。从占比上看,L亚型更为普遍达到70%,S亚型占30%。
论文作者认为,根据新型冠状病毒的演变方式推测,L亚型和S亚型的传播能力、致病严重程度或许存在较大区别。
论文称,两个亚型的区别在于病毒RNA基因组的第28144位点,L亚型是T碱基(对应亮氨酸,Leu),S亚型是C碱基(对应丝氨酸,Ser)。通过与其他冠状病毒比较,作者发现S型新冠病毒与蝙蝠来源的冠状病毒在进化树上更接近,从而得出S型相对更古老的结论。
L亚型在武汉爆发的早期阶段更为普遍,而L亚型的发生频率在2020年1月初后有所下降。作者认为,人为干预可能对L亚型施加了更大的选择性压力,如果没有这些干预,L亚型可能更具侵略性和扩散得更快速。另一方面,由于选择压力相对较弱,在进化上较老且攻击性较小的S型可能在相对频率上有所增加。这些发现意味着,目前迫切需要结合基因组数据、流行病学数据和2019年冠状病毒病患者临床症状图表记录,进行进一步的全面研究。
另外,值得注意的是,这103个样本显示,大部分患者只感染了L亚型或S亚型中的一个。但其中一位近期有过武汉旅行史的美国患者分离出的病毒株,这两个位点却均呈现了C和T的混合现象,也就是说,很有可能这位患者同时感染了L型和S型新冠病毒。不过,作者表示目前还无法排除新突变型的可能性。
蝙蝠病毒与穿山甲病毒或发生基因重组
目前科学界所公认的是,新冠病毒与云南菊头蝠中存在的RaTG13冠状病毒一致性高达96%。而研究者接下来进行的一项系统发育分析,是对病毒上某些具体的蛋白(包括orf1a、S蛋白、基质和核衣壳)做氨基酸序列测定。
他们发现,RaTG13序列与其他蝙蝠类SARS冠状病毒也有同样紧密的联系。他们进一步估计,新冠病毒与RaTG13病毒大多数蛋白质的差异发生在2005-2012年间,而人类SARS病毒与蝙蝠类SARS冠状病毒大多数蛋白质的差异则发生在1990-2002年间。
为什么要对病毒的蛋白质进行系统发育分析呢?因为新冠病毒入侵细胞的第一步就是要让它表面的S蛋白(又称刺突蛋白)与宿主细胞的受体结合,然后再与宿主细胞膜发生融合,从而进入胞内。S蛋白位于新冠病毒表层,平面看像一顶皇冠。每一个S蛋白单体中约有1300多个氨基酸,其中300多个氨基酸构成了“受体结合结构域”(RBD)。新冠病毒与人类SARS病毒一样,都要与人体细胞的ACE2(血管紧张素转化酶2)受体结合。
在比较了S蛋白的序列全长后,研究者发现新冠病毒与人类SARS病毒和蝙蝠SARS病毒的同源性为39%,与MERS和其他冠状病毒的同源性则为29%。但值得注意的是,研究者发现新冠病毒和穿山甲冠状病毒在S蛋白的受体结合结构域中,有近乎一样的氨基酸序列,但与RaTG13的却不相同。
接着,研究者选择了新冠病毒以及其他25个有代表性的冠状病毒,包括五个新的穿山甲冠状病毒,对它们的S蛋白序列进行系统发育分析。结果表明,新冠病毒的S蛋白很可能是源自穿山甲冠状病毒,而不是蝙蝠身上的RaTG13病毒。
研究者认为,尽管冠状病毒在整体的基因结构上与RaTG13最高度同源,但其S蛋白上的受体结合结构域与穿山甲病毒确实是最同源的,这表明RaTG13和穿山甲病毒之间可能发生了基因重组。
研究者还进一步检查了基因组中所有的氨基酸突变。在比较新冠病毒与穿山甲冠状病毒后发现,除了S蛋白上的受体结合域,两者的非结构蛋白nsp14和15中的区域也存在共有连续序列。
钟南山担心的事情发生了
此前,钟南山院士曾表示,新冠肺炎疫情在国外迅速蔓延,中国存在从输出病例变为输入病例的可能性。
截至目前,宁夏、北京、广东、浙江都陆续通报了境外输入病例。
深圳新增由英国途经香港输入病例
据人民日报,3月1日凌晨,深圳市卫生健康委报告1例境外输入新冠肺炎确诊病例。
患者,男,35岁,在英国布里斯托工作。2月27日乘坐CX250航班,由伦敦飞往香港。2月28日13:27抵达香港机场,15:30在香港机场海天码头乘坐渡轮(船次3A109)到蛇口码头,16:32在码头入境时,显示该患者体温正常,16:45从蛇口码头乘出租车回福田区家中。
2月29日上午7时,患者出现咳嗽、发热症状。10时由家属驾车送往中山大学附属第八医院发热门诊就诊。3月1日0:40,深圳市疾控中心复核结果为新冠病毒核酸阳性。目前患者病情稳定。广东省卫生健康委已于3月1日凌晨将相关情况通报香港卫生部门。
浙江丽水新增1例境外输入性确诊病例
据浙江丽水市通报,2020年3月1日0-24时,新增境外(意大利)输入性确诊病例1例。具体情况如下:
患者王某,女,31岁,意大利华侨,2月28日回国,国内户籍为青田县瓯南街道。2月16日出现咳嗽、头痛、腹泻等症状,自行服药治疗。26日晚从意大利米兰(SU2415H航班座位号17C)出发,经莫斯科(SU206H航班座位号22F)转机,于27日22时到达上海浦东机场,随后包车于28日上午8时抵达青田县,随即被直接送往青田县集中隔离医学观察点开展医学观察。3月1日新冠病毒核酸检测阳性,目前在青田县人民医院隔离治疗。
北京新增2例境外输入病例
2月29日,北京市报告2例自伊朗入境的新冠肺炎确诊病例,均为2月26日宁夏确诊病例丁某某在伊朗期间的密切接触者。
宁夏已发现两例境外输入型病例
而此前,宁夏已发现1例境外输入型新冠肺炎病例。2月26日,宁夏中卫市表示,当日该市发现1例境外输入型新冠肺炎病例,患者丁某,男,23岁,宁夏中卫市中宁县大战场镇人,2019年10月到伊朗从事翻译工作。
3月1日,国务院联防联控机制新闻发布会上,海关总署卫生检疫司司长林伟表示,海关对所有出入境人员实施百分之百的查验健康申报,全面开展体温监测筛查,严密实施医学巡查。对于这些查验中发现的有症状的,或者是来自于疫情比较严重的国家或地区,或者是接触过确诊病例、疑似病例的人员,严格实施流行病学排查、医学排查以及实验室检测进行排查。
也有专家提醒,疫情防控阻击战尚未结束。无论您身处国内或境外,鉴于乘坐飞机等公共交通工具感染病毒的风险较大,居家是最好的防护。为了您和他人健康,请务必继续保持警惕,加强自我防范,慎重决定出行计划。
如有发热、呼吸道感染、腹泻等症状,要及时到二级及以上医疗机构的发热门诊就诊。
3月4日全球疫情最新消息:中国境外确诊超万例
新冠肺炎疫情在多国持续蔓延。根据世卫组织的最新报告,截至欧洲中部时间3月3日上午10时(北京时间17时),中国境外一天内新增近1800例确诊病例,累计已有超万例。
世卫组织认为,东地中海地区病例的增长情况需“高度关注”。与此同时,日本、韩国等亚洲地区,意大利、法国等欧洲地区,以及包括美国在内的美洲地区,确诊病例都持续增长,疫情波及范围也在不断扩大,多国推出举措,加紧疫情监测和抗击。
世界疫情分布图。
【世卫组织:中国境外共72个国家确诊超万例】
世卫组织3日发布的最新一期新冠肺炎情况每日报告显示,截至欧洲中部时间3月3日上午10时(北京时间17时),中国境外共72个国家确诊新冠肺炎10566例,死亡共计166例。
报告称,与前一日相比,中国境外新增新冠肺炎1792例,新增8个国家(安道尔、约旦、拉脱维亚、摩洛哥、葡萄牙、沙特阿拉伯、塞内加尔和突尼斯)出现病例,新增38例死亡病例。
世卫组织还表示,东地中海地区病例的增长情况需“高度关注”,世卫组织东地中海区域主任重申,为了控制疫情暴发和加强卫生系统运作,有必要加强监督和响应活动,并分享关键信息。
【日本确诊病例破千,奥运会仍计划如期举办】
据日本放送协会(NHK)报道,4日,日本山口县政府发布消息称,该县下关市1名40多岁的男性被确诊感染。报道称,这使日本新冠肺炎确诊病例总数达到1000例,其中重症58例,死亡12例。
由于疫情蔓延,东京奥运会是否能如期举办备受关注。3日,日本奥运大臣桥本圣子表示,根据东京与国际奥委会之间的协议,奥运会可以在2020年内进行延期。同一天,国际奥委会主席巴赫再次强调了将按计划举办东京奥运会的方针。
而国际奥委会新闻发言人马克·亚当斯也表示,基于现有证据,没有理由更改2020东京奥运会,将按原计划于2020年7月24日至8月19日期间举行。
【韩国确诊5328例 文在寅宣布“抗疫作战”】
据韩媒4日报道,截至目前,韩国确诊病例新增516例,累计达5328例,死亡32例。
韩国总统文在寅宣布国家进入“一场抗击传染病的战争”,所有政府单位启动24小时紧急状态运作系统,以强化检疫及经济等相关措施的准备。他也宣布,政府将投入30万亿韩元来对抗疫情。
【伊朗确诊2336例 临时释放5.4万名囚犯】
伊朗卫生部通报,截至当地时间3日中午,伊朗累计确诊新冠肺炎病例2336例,包括了23个国会议员和紧急医疗服务的负责人,其中435例康复,77例死亡。
据外媒报道,为防止新冠肺炎在监狱中传播,伊朗临时释放了5.4万名囚犯。伊朗司法部发言人戈洛拉姆侯赛因·埃斯梅里表示,在检测结果呈阴性并保释后,囚犯被允许出狱。
伊朗最高领袖哈梅内伊3日下令军队协助政府卫生部门防控新冠肺炎传播,令该国整体进入备战状态。
【意大利确诊2546例 死亡病例升至79人】
据欧联通讯社报道,截止到3月4日零时,意大利确诊病例已增至2546例,其中重症患者229人,治愈患者160例,累计死亡79人。
意大利现已对多个出现疫情的城镇采取封闭措施。报道称,意大利九成的病例集中在北部的伦巴第、威尼托和艾米利亚—罗马涅三个大区。这些地区的学校停课及禁止大规模公众集会。
【美国确诊122例 9个死亡病例全部来自华盛顿州】
据美国有线电视台最新的统计数据,美国已有122例确诊病例,其中9人死亡。全部死亡病例来自华盛顿州。
当天,美国国会参议院卫生、教育、劳工和养老金委员会就新冠肺炎疫情举行听证会。多位议员对卫生部门检测该病毒效率问题提出质疑。目前,美国国会参众两院正在起草针对新冠肺炎疫情的紧急预算案。据悉,该预算案将于本周在两院进行表决。
此前,美国总统特朗普要求各方加速新冠肺炎疫苗研发工作。对此,专家表示,至少需要一年至一年半的时间,疫苗才可以投入使用。如果考虑生产能力,可能需要更多时间。
【欧洲多国确诊病例增加】
法国卫生部当地时间3日晚宣布,法国确诊病例超过两百例,增至212例,死亡病例增至4例。目前法国仍是欧洲疫情第二严重的国家,仅次于意大利。
德国权威机构罗伯特·科赫研究所3日公布的最新数据显示,德国已有196人确诊,较前一天增长39人。目前德国已有多项大型活动被取消。而首都柏林的数间学校亦持续停课中。
当地时间3日,一艘载有1200名乘客的德国邮轮停泊在挪威南部,等待2名在陆地上接受新冠肺炎检测的乘客结果。该邮轮位于挪威第二大城市卑尔根以南110公里。随后有报道称,该邮轮上的2名乘客检测呈阴性。
截至当地时间3日晚11点,西班牙确诊患者达165例,其中首都马德里疫情最为严重,上升至56例。根据西班牙3日晚当地消息,瓦伦西亚大区出现西班牙第1例死亡患者,其死亡时间是2月13日。
英国卫生部长当地时间3日表示,截至当地时间上午9点,英国确诊病例增至51例。英国首相约翰逊说,英国必须为疫情扩散做好准备,若出现疫情扩散的最坏情况,军警将会联手共同维持社会秩序。
【美洲多国现首例确诊】
当地时间3日下午,阿根廷卫生部召开发布会,宣布阿根廷确诊首例。这名43岁男性曾前往意大利和西班牙,1日回到布宜诺斯艾利斯。患者表示,他一抵达阿根廷就直接寻求医疗援助,没有与其他人接触。
同一天,智利卫生部证实该国确诊首例,系一名33岁男性,从西班牙返回智利,之前曾前往新加坡等东南亚多个国家。智利卫生部指出,患者有发烧和头痛症状,但健康情况稳定,目前在家隔离。
目前,拉美与加勒比地区已有巴西、墨西哥、厄瓜多尔、多米尼加、阿根廷与智利六国出现确诊病例,其中厄瓜多尔累计确诊7例最多。