（一）进项税额
1.用于抵扣进项税额的增值税专用发票是否真实合法：是否有开票单位与收款单位不一致或票面所记载货物与实际入库货物不一致的发票用于抵扣。
2.用于抵扣进项税额的运输业发票是否真实合法：是否有用于非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利和个人消费、非正常损失的货物（劳务）、非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物（劳务）所发生的运费抵扣进项；是否有与购进和销售货物无关的运费申报抵扣进项税额；是否有以国际货物运输代理业发票和国际货物运输发票抵扣进项；是否存在以开票方与承运方不一致的运输发票抵扣进项；是否存在以项目填写不齐全的运输发票抵扣进项税额等情况。
3.是否存在未按规定开具农产品收购统一发票申报抵扣进项税额的情况。具体包括：扩大农产品范围，把非免税农产品（如方木、枕木、道木、锯材等）开具成免税农产品（如原木）；虚开农产品收购统一发票（虚开数量、单价，抵扣税款）。
4.用于抵扣进项税额的海关进口增值税专用缴款书是否真实合法；进口货物品种、数量等与实际生产是否相匹配。
5.发生退货或取得销售折让是否按规定作进项税额转出。
6.从供货方取得的与商品销售量、销售额挂钩的各种返还收入，是否冲减当期的进项税额。是否存在将返利挂入其他应付款、其他应收款等往来账或冲减营业费用，而不作进项税额转出的情况。
7.用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产和不动产是否抵扣进项税额。
8.非正常损失的购进货物，以及相关的加工修理修配劳务和交通运输服务是否抵扣进项税额。
9.非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物（不包括固定资产）、加工修理修配劳务和交通运输服务是否抵扣进项税额。
10.非正常损失的不动产，以及该不动产所耗用的购进货物、设计服务和建筑服务是否抵扣进项税额。
11.非正常损失的不动产在建工程所耗用的购进货物、设计服务和建筑服务是否抵扣进项税额。
12.购进的贷款服务、餐饮服务、居民日常服务和娱乐服务，是否抵扣进项税额。
增值税
（二）销项税额
1.销售收入是否完整及时入账：是否存在现金收入不按规定入账的情况；是否存在不给客户开具发票，相应的收入不按规定入账的情况；是否存在以货易货、以货抵债收入未记收入的情况；是否存在销售产品不开发票，取得的收入不按规定入账的情况；是否存在销售收入长期挂账不转收入的情况；是否收取外单位或个人水、电、汽等费用，不计、少计收入或冲减费用；是否将应收取的销售款项，先支付费用（如购货方的回扣、推销奖、营业费用、委托代销商品的手续费等），再将余款入账作收入的情况。
2.是否存在视同销售行为、未按规定计提销项税额的情况：将自产或委托加工的货物用于非增值税应税项目、集体福利或个人消费，如用于内设的食堂、宾馆、医院、托儿所、学校、俱乐部、家属社区等部门，不计或少计应税收入；将自产、委托加工或购买的货物用于投资、分配、无偿捐助、赠送及将外购的材料改变用途对外销售等，不计或少计应税收入。
3.是否存在开具不符合规定的红字发票冲减应税收入的情况：发生销货退回、销售折让，开具的红字发票和账务处理是否符合税法规定。
4.向购货方收取的各种价外费用（例如手续费、补贴、集资费、返还利润、奖励费、违约金、运输装卸费等等）是否按规定纳税。
5.设有两个以上的机构并实行统一核算的纳税人，将货物从一个机构移送到其他机构（不在同一县市）用于销售，是否作销售处理。
6.对逾期未收回的包装物押金是否按规定计提销项税额。
7.增值税混合销售行为是否依法纳税：对增值税税法规定应视同销售征税的行为是否按规定纳税；从事货物运输业务的单位和个人，发生销售货物并负责运输所售货物的混合销售行为，是否按规定缴纳增值税。
8.兼营销售货物、劳务、服务、无形资产或者不动产的纳税人，适用不同税率或者征收率的，是否按规定分别核算适用不同税率或者征收率的销售额；对不分别核算或者不能准确核算的，是否按主管税务机关核定的货物或者应税劳务的销售额缴纳增值税。
9.按照增值税税法规定应征收增值税的代购货物、代理进口货物的行为，是否缴纳了增值税。
10.免税货物是否依法核算：增值税纳税人免征增值税的货物或应税劳务，是否符合税法的有关规定；有无擅自扩大免税范围的问题；兼营免税项目的增值税一般纳税人，其免税额、不予抵扣的进项税额计算是否准确。
11.根据《关于中央财政补贴增值税有关问题的公告》（国家税务总局公告2013年3号）按照现行增值税政策，纳税人取得的中央财政补贴，不属于增值税应税收入，不征收增值税。不应开具增值税专用发票。
12.是否存在不按文件规定的时间确认收入，递延纳税义务。纳税人发生应税行为并收讫销售款项或者取得索取销售款项凭据的当天；先开具发票的，为开具发票的当天；纳税人提供建筑服务、租赁服务采取预收款方式的，其纳税义务发生时间为收到预收款的当天；纳税人从事金融商品转让的，为金融商品所有权转移的当天；纳税人发生视同销售服务、无形资产或者不动产情形的，其纳税义务发生时间为服务、无形资产转让完成的当天或者不动产权属变更的当天；增值税扣缴义务发生时间为纳税人增值税纳税义务发生的当天。
13.企业是否存在不符合差额征税规定，而按照差额征税方法计算增值税的情形。
14.企业是否存在按税法规定负有增值税扣缴义务的扣缴义务人未依法履行扣缴税款义务。
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